Tras entrar por el zaguán situado más cerca de la Calle Mayor, se puede ver la Escalera de Honor, que lleva a la planta superior. En la misma, se pueden contemplar tres tapices de Bruselas de gran valor. Dos son del siglo XVII y uno es del siglo XVIII. Tras pasar por una sala de retratos, se accede al majestuoso Salón Real, obra de Juan Gómez de Mora. Se utilizó como sala de juntas de verano, y de la estancia destacan la pintura del techo, la porcelana del buen retiro y los cuadros de Francisco Ricci y Vicente Palmaroli.
En la siguiente sala podremos ver la custodia de la villa, obra de Francisco Álvarez, hecha en Madrid en 1573. Se trata de una imagen hecha en plata de gran valor artístico e histórico. La joya de la Casa de la Villa es, sin duda alguna, el Patio de Cristales. Cubriendo dicha estancia, podemos ver unas excepcionales vidrieras de la casa Maunejean. Decoran el espacio con motivos madrileños como el escudo de Madrid
y la Puerta de Alcalá.
Salón de Plenos de la Casa de la Villa
Más tarde se accede al Salón de Plenos, diseñado por Teodoro Ardemans como sala de juntas de invierno. Antonio Palomino se encargó del gran fresco Alegoría de la realeza española, como homenaje a Carlos II. Su estado actual es el mismo desde 1899.
Antes de llegar a la Casa de Cisneros, casa palacio construida en 1537, hay un pasillo con retratos de los alcaldes de Madrid. Esta colección avanza por la Sala de la Carreta y por otros pasillos hasta llegar a los últimos alcaldes que ha tenido la ciudad. De ahí se pasa a la Casa de Cisneros gracias a un pasadizo elevado que une ambos edificios y que se creó con la reforma de Luis Bellido en 1915.
Una de las paradas que se realiza durante el recorrido es en el antiguo despacho del alcalde. Del mismo cabe destacar el artesonado del techo, recuperado con la reforma de principios del siglo XX. La madera que se puede ver es, por lo tanto, original de mediados del siglo XVI.
Al final del pasillo con los retratos de los alcaldes, se llega al increíble Salón de Tapices. El artesonado del techo se pudo recuperar del original, de mediados del siglo XVI, y se puede ver cómo se comba la parte central debido al peso de las vigas de madera. No menos impresionantes son los tapices que cuelgan de sus paredes, acordes con el estilo de la época. Podemos ver el gran paño de Bruselas, del siglo XV, y los dos tapices de la serie Escuela de equitación, del siglo XVII.
Biblioteca y Salones de Comisiones
Otra de las estancias que se puede visitar es la biblioteca. En este caso, la madera del techo no se pudo recuperar en la restauración de Luis Bellido, y se hizo una recreación de la original. Las últimas dos estancias que se pueden ver son los Salones de Comisiones, situadas en el ala este de la Casa de Cisneros. Entre las piezas expuestas destacan los relojes franceses de sobremesa, el gran jarrón azul de Sévres, el óleo de Francisco Padilla y los tapices flamencos. En ambos salones, hay que destacar que los artesonados de ambos techos son los originales del edificio, igual que en el Salón de Tapices.
La visita del interior termina bajando la llamada Escalera Principal, resultado de la reforma de Luis Bellido. Conecta el patio con la planta principal, y para su decoración se usaron azulejos de Talavera con pequeñas escenas de fondo amarillo rodeadas de hojarasca y guirnaldas renacentistas en azul.